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1905年にチューリッヒ大学の教授になり、クロロフィルの研究を始めた。彼は構造を解析し、血液色素であるヘムがクロロフィル中で見つかったポルフィリン化合物に類似していることを示した。そして、彼はベルリン大学の化学教授と1912年から1916年までベルリンのカイザー・ヴィルヘルム研究所の所長を務め、花や果物の色素の構造解析の研究をした。第一次世界大戦によって彼の研究が中断されたとき、フリッツ・ハーバーの要求により、ガスマスクの開発をした。
1916年にヴィルシュテッターはミュンヘン大学のバイヤーの後任になった。1920年代に彼は酵素反応機構の研究を行い、酵素が生物的な有機物でなく、化学物質であることを証明するために多くのことを行った。1930年に誤りが証明されるまで、酵素が自然界の非タンパク質であるという彼の見解は広く支持された。1924年にユダヤ人であった彼は反ユダヤ主義の圧力に抗議し、ミュンヘン大学を辞職した。その後、はじめはミュンヘンで、1939年からはスイスで個人的に研究を継続した。