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釜山で生まれ、幼少時を朝鮮、日本で過ごし横浜のインターナショナルスクール、セント・ジョセフ・インターナショナル・カレッジに学んだ後、化学を学ぶため、1922年にアメリカに渡った。デイトン大学（University of Dayton）で学位を得た後、マサチューセッツ工科大学（MIT）で修士課程を修了した。
MITの教授らは大学に残り博士課程を修めるよう薦めたが、父親から学資を受け続ける生活を嫌ったペダーセンは実務の世界に移った。この決断から数十年後にペダーセンはノーベル化学賞を受賞することとなるのだが、こうした経緯から、ノーベル化学賞受賞者の中では珍しい博士号を持たない人物ということになった。
1927年、デュポン社で研究員として働き始め、65歳で退職するまで、42年間にわたって同社に奉職した。
この間、25の論文と65の特許を残した。1967年に発表された2本の論文では、クラウンエーテルと命名されたリング状の分子が安定した構造を持つ金属イオンなど電荷を持ったイオンを捕らえる性質を持つことを明らかにした。この発見は超分子化学研究の礎を築き、この論文は今日では化学論文の中でも最も偉大な論文のひとつとみなされている。
この発見の後にこの分野の研究を深めたドナルド・クラム、ジャン＝マリー・レーンとともに、1987年にノーベル化学賞を受賞した。
1983年に骨髄腫と診断され、そのため体は急激に弱っていったが、1987年にはノーベル賞を授与するため、自身に鞭打ちストックホルムまでの旅行を敢行した。
ノーベル賞受賞の2年後、1989年に死去。